Esta historia toma lugar 100 dias antes de que Kudo Shinichi se convirtiera en Edogawa Conan.
Kudo Shinichi, quien es un detective de secundaria, es invitado junto con su amiga Ran y los demas a la aldea Jugoya, lugar en el que se esta pronto a celebrar un festival para honrar el alma de Otori, ave proveniente de una leyenda que ataca a las personas asesinandolas.
Mientras el propietario de la villa les da un recorrido, ocurre un asesinato de igual forma como se es contado en la leyenda, a partir de esto, comienzan una serie de sucesos parecidos, los cuales Shinichi investigara para poder llegar a la verdad de todo esto descubriendo al culpable.
La serie comienza con Kudo Shinichi despertandose en una habitacion blanca, sin recordar como llego alli, luego se da cuenta de que Ran, su amiga de la infancia, y el padre de ella Kogoro Mouri tambien se encuentran en el lugar. Al no saber de que trataba todo esto, Shinichi encuentra una tarjeta en la que dice que esa habitacion fue preparada por un fan hecha especialmente para el.
Es asi como ellos comienzan a averiguar las contraseñas que se les pide dandoles como pista solo la fecha de algun caso anterior que Kudo haya resuelto, para poder al final descubrir quien los encerro a todos ellos.