Lee también es conocido por haber puesto en marcha una cadena de restaurantes italianos de lujo en Seúl , tras su película Il Mare. Habiendo estudiado diseño de interiores, él mismo se encargó de diseñar los interiores de sus restaurantes.
Jung Jae es el mejor amigo de el actor Jung Woo Sung. Ambos se conocieron durante el rodaje de City of the Rising Sun. Son co-propietarios y co-inversionistas en varios negocios.
Tuvo una relación sentimental con la actriz Kim Min Hee (2003-2006).
El 5 de enero (2015) el actor finalmente confirmó su relación con la Dama del Grupo Daesang, Lim Sae Ryeong. La pareja ha negado los rumores de citas en el pasado. Después que los paparazzi tomaron fotos de ellos en una cita, sin embargo, la agencia de Lee confesó: "No ha sido durante mucho tiempo desde que Lee Jung Jae y Lim Sae Ryeong han comenzado a verse", dijo un representante de C-Jes Entertainment."Ellos están tomando las cosas con calma después de ser sólo amigos después de mucho tiempo. Es un poco engorroso para confirmar que son pareja. A pesar de que se han rodeado de rumores desde 2010, queremos aclarar que eran amigos que se apoyaron entre sí a través de tiempos difíciles. Recientemente se hicieron más que amigos".
En una entrevista con Star News el 14 de julio 2015, el actor dijo: "Mi última producción fue la película Big Match y hay una gran diferencia entre mi papel en eso y con mi personaje Yeom Suk Jin en Assassination. Yo tenia 78 kg antes y he perdido peso hasta que tuve 63 kg. Es el mismo peso que tenia en la escuela secundaria ".
Él comentó que era un poco agobiante interpretar a un personaje 20 años más joven y más viejo que su edad actual porque él en realidad tiene 40, y la razón por la que tuvo que perder tanto peso fue para interpretar mejor la apariencia de un hombre de unos 60 años. Su personaje en la película comienza con 20 años y llega a los 60.